| ๐ก |
bioimageio format validation |
| status |
valid-format |
| source |
https://hypha.aicell.io/bioimage-io/artifacts/stupendous-sheep/files/rdf.yaml?version=v0 |
| id |
stupendous-sheep |
| version |
1 |
| applied format |
model 0.4.10 |
| bioimageio.spec |
0.5.7.4 |
|
Location |
Details |
| โ๏ธ |
|
Successfully created `ModelDescr` instance. |
| โ๏ธ |
|
bioimageio.spec format validation model 0.4.10 |
| โ |
name |
Name longer than 64 characters. |
| โ |
weights.pytorch_state_dict.dependencies |
Custom dependencies (pip:./requirements.txt) specified. Avoid this whenever possible to allow execution in a wider range of software environments. |
| โ |
weights.pytorch_state_dict |
Conda environment creation |
| โ |
weights.pytorch_state_dict |
Command '['conda', 'env', 'create', '--yes', '--file=/tmp/tmpc6na2mdf/pytorch_state_dict/env.yaml', '--name=9335a4ef69349db8ad414844baf0d024894e7f4e4e68a09eb5def26d6f3e4688', '--quiet']' returned non-zero exit status 1. |
|
|
See Traceback 1. |
|
weights.pytorch_state_dict |
recommended conda environment (Conda environment creation) |
|
|
%YAML 1.2
---
channels:
- conda-forge
- nodefaults
dependencies:
- pip:
- bioimageio.core>=0.9.4
- empanada-dl>=0.1.5
- imagecodecs
- scikit-image>=0.18
- pip
|
|
weights.pytorch_state_dict |
conda compare (Conda environment creation) |
|
|
pip not found bioimageio.core not found empanada-dl not found imagecodecs not found scikit-image
not found |
Traceback 1
โญโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ Traceback (most recent call last) โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโฎ
โ /home/runner/.local/lib/python3.12/site-packages/bioimageio/core/_resource_tests.py:428 in _test โ
โ โ
โ 425 โ โ raise RuntimeError("Conda not available") from e โ
โ 426 โ โ
โ 427 โ try: โ
โ โฑ 428 โ โ run_command([CONDA_CMD, "run", "-n", env_name, "python", "--version"]) โ
โ 429 โ except Exception as e: โ
โ 430 โ โ working_dir.mkdir(parents=True, exist_ok=True) โ
โ 431 โ โ path = working_dir / "env.yaml" โ
โ โ
โ /home/runner/.local/lib/python3.12/site-packages/bioimageio/core/_resource_tests.py:198 in defau โ
โ โ
โ 195 โ
โ 196 def default_run_command(args: Sequence[str]): โ
โ 197 โ logger.info("running '{}'...", " ".join(args)) โ
โ โฑ 198 โ _ = subprocess.check_call(args) โ
โ 199 โ
โ 200 โ
โ 201 def test_description( โ
โ โ
โ /usr/lib/python3.12/subprocess.py:413 in check_call โ
โ โ
โ 410 โ โ cmd = kwargs.get("args") โ
โ 411 โ โ if cmd is None: โ
โ 412 โ โ โ cmd = popenargs[0] โ
โ โฑ 413 โ โ raise CalledProcessError(retcode, cmd) โ
โ 414 โ return 0 โ
โ 415 โ
โ 416 โ
โฐโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโฏ
CalledProcessError: Command '['conda', 'run', '-n', '9335a4ef69349db8ad414844baf0d024894e7f4e4e68a09eb5def26d6f3e4688', 'python', '--version']' returned non-zero exit status 1.
During handling of the above exception, another exception occurred:
โญโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ Traceback (most recent call last) โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโฎ
โ /home/runner/.local/lib/python3.12/site-packages/bioimageio/core/_resource_tests.py:435 in _test โ
โ โ
โ 432 โ โ try: โ
โ 433 โ โ โ _ = path.write_bytes(encoded_env) โ
โ 434 โ โ โ logger.debug("written conda env to {}", path) โ
โ โฑ 435 โ โ โ run_command( โ
โ 436 โ โ โ โ [ โ
โ 437 โ โ โ โ โ CONDA_CMD, โ
โ 438 โ โ โ โ โ "env", โ
โ โ
โ /home/runner/.local/lib/python3.12/site-packages/bioimageio/core/_resource_tests.py:198 in defau โ
โ โ
โ 195 โ
โ 196 def default_run_command(args: Sequence[str]): โ
โ 197 โ logger.info("running '{}'...", " ".join(args)) โ
โ โฑ 198 โ _ = subprocess.check_call(args) โ
โ 199 โ
โ 200 โ
โ 201 def test_description( โ
โ โ
โ /usr/lib/python3.12/subprocess.py:413 in check_call โ
โ โ
โ 410 โ โ cmd = kwargs.get("args") โ
โ 411 โ โ if cmd is None: โ
โ 412 โ โ โ cmd = popenargs[0] โ
โ โฑ 413 โ โ raise CalledProcessError(retcode, cmd) โ
โ 414 โ return 0 โ
โ 415 โ
โ 416 โ
โฐโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโฏ
CalledProcessError: Command '['conda', 'env', 'create', '--yes', '--file=/tmp/tmpc6na2mdf/pytorch_state_dict/env.yaml', '--name=9335a4ef69349db8ad414844baf0d024894e7f4e4e68a09eb5def26d6f3e4688', '--quiet']' returned non-zero exit status 1.